Postoje dvije glavne metode za sintezu biblioteke peptida: metoda monomera i metoda submonomera.
Metoda monomera
Metoda monomera je tradicionalni pristup za sintezu biblioteke peptida. U ovoj metodi, svi zaštićeni monomeri moraju se prvo sintetizirati, a proces sinteze svakog zaštićenog monomera je glomazan i dugotrajan.
Metoda sekundarnog monomera
Metoda sekundarnog monomera ne zahtijeva monomere sa zaštićenim alfa amino grupama. Ova metoda se sastoji od dva koraka: nukleofilne supstitucije praćene acilacijom. Metoda submonomera omogućava korištenje bilo kojeg komercijalno dostupnog ili sintetički dostupnog amina, s velikim potencijalom za kombinatornu hemiju.