Funkcija zaštitnih grupa je da izoluju specifične funkcionalne grupe tokom procesa sinteze, štiteći ih od interferencije, i uklanjaju zaštitne grupe tek nakon završetka specifičnih reakcija kako bi se obnovila aktivnost ciljnog molekula. Proces uklanjanja zaštitnih grupa obično zahtijeva blage uvjete kako bi se izbjeglo oštećenje ciljnog molekula. Na primjer, metoda uklanjanja ROH iz zaštićenih alkohola obično je da se proizvedu eteri (ROR ') ili esteri (ROCOR'), a zatim se hidrolizira ili zakiseli pod odgovarajućim uvjetima.
Ukratko, uloga zaštitnih grupa u sintezi PNA je ključna, jer osigurava efikasnu sintezu složenih molekula, izbjegava neciljne reakcije i može se selektivno ukloniti kada je to potrebno za dobivanje pročišćenih PNA proizvoda.