Nakon razumijevanja razloga za nestabilnost peptida, potvrđeno je na osnovu višegodišnjeg iskustva u sintezi peptida da postoje sljedeća rješenja za poboljšanje stabilnosti peptida.
1) Mutacija usmjerena na mjesto
Zamjena ostataka koji uzrokuju nestabilnost peptida ili uvođenje ostataka koji povećavaju stabilnost peptida putem genetskog inženjeringa može poboljšati stabilnost peptida.
2) Hemijska modifikacija
Postoje mnoge metode hemijske modifikacije peptida, a PEG modifikacija je najviše proučavana. PEG je vodotopivo polimerno jedinjenje koje je biorazgradivo i netoksično in vivo. PEG može poboljšati rastvorljivost peptida nakon vezivanja, regulisati biokompatibilnost, poboljšati termičku stabilnost, oduprijeti se degradaciji proteaze, smanjiti antigenost i produžiti poluživot in vivo. Odabir odgovarajućih metoda modifikacije i kontrola stepena modifikacije može poboljšati fizičku spremnost ili poboljšati izvornu biološku aktivnost.
3) Aditivi
Dodavanjem aditiva kao što su šećeri, polioli, želatina, aminokiseline i određene soli, može se poboljšati stabilnost peptida. Šećer i polioli tjeraju više molekula vode da okruže proteine pri niskim koncentracijama, čime se poboljšava stabilnost peptida. Tokom procesa sušenja zamrzavanjem, gore navedene supstance mogu zameniti vodu i formirati vodonične veze sa peptidima kako bi stabilizovali njihovu prirodnu konformaciju, a takođe mogu povećati temperaturu staklastog prelaza liofilizovanih proizvoda. Osim toga, surfaktanti kao što su SDS, Tween, Pluronic mogu spriječiti površinsku adsorpciju peptida, agregaciju i taloženje.
4) Sušenje zamrzavanjem
Niz hemijskih reakcija koje se dešavaju u peptidima, kao što su deamidacija, beta eliminacija, hidroliza itd., zahtevaju učešće vode, koja može poslužiti i kao mobilna faza za druge reaktante. Osim toga, smanjenje sadržaja vode može povećati temperaturu denaturacije peptida. Stoga, sušenje zamrzavanjem može poboljšati stabilnost peptida.